網站的物理結構不應十分復雜，層次也不應太多，應該根據網站文件的功能、地位和大致的邏輯結構來建立樹狀的目錄結構。例如主頁的HTML文件一般直接放于服務器虛擬路徑的根上，與之相關聯的資源(如圖片、聲音等)作為一個~級目錄，其他的一級頁面構成一個一級目錄，而在一級頁面的目錄里又有與之相關的資源和上級頁面構成二.級目錄，類似地再往下分為三級目錄等。
設計網站物理結構時，應注意:
①不要將所有文件都存放在根目錄下。
a.文件管理混亂。你常常搞不清哪些文件需要編輯和更新，哪些無用的文件可以刪除，哪些是相關聯的文件。
b.上傳速度慢。服務器一般都會為根目錄建立一個文件索引。當你將所有文件都放在根目錄下，那么即使你只上傳更新一個文件，服務器也需要將所有文件再檢索遍，建立新的索引文件。很明顯，文件量越大，等待的時間也將越長。
②按欄目內容建立子目錄。
③所有程序一般都存放在特定目錄。
④所有需要下載的內容也最好放在一個目錄下。
⑤在每個主目錄下建立獨立的images目錄。
⑥目錄的層次不要太深。目錄的層次建議不要超過3層。
⑦全局的資源應該放在根目錄下的Global目錄中。
⑧根據欄目規劃和功能來設計目錄結構。
⑨每個目錄下都建立獨立的images子目錄。
目錄的層次不宜太多。
①最好不要使用中文目錄名。
②將可執行文件與不可執行文件分開放置。
③網站建設數據庫文件單獨放置。
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